google app engineのjava版が出たので試そうと思ったら、ubuntuのeclipseは古くて対応していなかったです。

GANYMEDEをインストールして使ってたらちいちゃなwindowしか開かなくなるし、久しぶりだしでパニクって消したり戻したりしましたけど、workspaceの下に残ってしまう.lockファイルを消せば良いだけの話でした・・・